Местные лютеране построили эту церковь в период религиозных гонений, когда им разрешалось воздвигать только деревянные церкви. Именно поэтому в данной постройке даже гвозди делались из дерева. Строительство финансово поддерживалось протестантами из разных стран мира, в том числе из Швеции и Дании.
Единственной частью деревянной Протестантской церкви (The wooden articular church), выполненной из камня, является сакристия (аналог ризницы). Сакристия изначально в 1593 г. являлась пабом, расположенным за пределами городских стен. В XVII веке римская католическая династия Габсбургов объявила протестантизм ересью на территории, известной как Габсбурская Монархия, куда в то время входила и Словакия. В ходе этих гонений количество церквей в имперских городах было сокращено до одной, такая же участь постигла и Кежмарок.
Строительный материал по возможности выбирался самый дешевый (в те времена таким материалом было дерево), в результате строительство церкви завершилось в 365 дней. Более того, место для новой протестантской церкви выбиралось специальной королевской комиссией. В Кежмароке королевская комиссия выбрала старинный паб в качестве места резиденции протестантской веры, пытаясь тем самым унизить местное протестантское сообщество. Таким образом, паб был переоборудован в сакристию.
Самыми древними частями храма считаются эпитафии, датируемые 1688 г. и купель, созданная в стиле возрождения 1690 г. Это единственные элементы, сохранившиеся от первой церкви. Вторая деревянная церковь появилась на месте первой в 1717, она строилась в стиле барокко и полностью заменила прежнее здание. Новая церковь была построена в форме греческого креста. Единовременно в церкви может находиться 1541 человек. Согласно легенде круглые окна церкви были выполнены шведскими моряками, пожелавшими внести свой вклад в строительство. Орган, построенный в 1729 г., до сих пор славится своим великолепным звучанием, хотя все его трубы выполнены из дерева.
С 1892 г. церковь получила статус протектората со стороны государства как важный исторический памятник.
