Средневековые подземелья располагаются в старой части города. Их истинные размеры, протяженность и цель создания до сих пор остаются спорными, вокруг этих подземелий существует огромное количество городских легенд. В подземельях было обнаружено порядка 4000 тысяч тел, многие из которых, благодаря сухому подземному климату, мумифицировались естественным образом.
Истинные размеры подземелий не известны, многие полагают, что то, что мы можем осмотреть сегодня, является лишь частью более крупной системы подземных ходов. Кто-то полагает, что подземелья протягиваются под всей старой частью Вильнюса. Единственный известный вход в подземелья располагается в церкви Святого духа.
Цель создания подземелий также не ясна, существует множество теорий, начиная от романтических историй, в которых фигурировали реальные исторические фигуры (Барбара Радзивилл и Сигизмунд II), именно они согласно первой версии тайком встречались в сумраке подземелий. Откуда здесь появились мертвые тела также не известно. В советский период бытовала версия о том, что это были тела жертв инквизиции, даже была мысль создать на территории подземелий музей инквизиции, однако эта теория не была подтверждена, поскольку на территории Литвы не проходило сколько-либо значимых инквизиционных расправ. Бытовало и мнение, что тела в подземельях могли принадлежать жертвам эпидемии чумы.