Музей Жертв Геноцида (Museum of Genocide victims) был основан по приказу Министра образования и культуры республики Литва и Президента Союза политических заключенных и депортированных лиц 14 октября 1992 г. Музей открылся в том же здании, куда свозили арестованных, где подписывали бумаги на депортацию и проводили следствие по особо важным делам в период властвования тоталитарного режима на территории Литвы с 1940 по 1991 г.
Для всего населения Литвы это здание является символом более чем 50-летнего периода советской оккупации.
Музей был реорганизован в 1997 г. по решению правительства республики Литва, все права на музей были переданы литовскому центру Геноцида и движения сопротивления.
