Почти прямо за руинами храма Аменхотепа лежат руины храма Мернептаха (Temple of Merneptah), который правил Египтом после своего отца Рамзеса II с 1213 года до н.э. в течение 10 последующих лет. В XIX веке здесь была обнаружена «стела Израиля», которая в настоящее время находится Египетском Музее Каира. Сохранившийся на ней текст, повествующий о победе Мернептаха над народом Израиля, является единственным упоминанием об Израиле в египетских источниках Нового царства. Швейцарский Институт в Египте провел большую работу по восстановлению первоначального плана этого храма и раскопкам, во время которых было обнаружено большое количество статуй и рельефов.
Маленький музей у входа в храм Мернептаха посвящен его истории, которая иллюстрируется с помощью текстов, планов, а также найденных во время раскопок экспонатов, которые очень помогли разобраться в немногочисленных руинах, дошедших до наших дней. В крытом помещении хранилища, расположенном к востоку от священного озера, находятся найденные на участке статуи, включая 12 сфинксов с головами шакала, часть из которых сохранила свой первоначальный цвет. Мернептах украл их, вместе со многими другими статуями и большими каменными блоками, из соседнего Храма Аменхотепа III, при этом заменив картуш с именем Аменхотепа на свой собственный. В двух демонстрационных залах в центральной части храма находятся рельефы Мернептаха, изображенного с различными богами. Когда-то эти рельефы стояли на вершинах пилонов (вы можете попросить смотрителя показать вам их).