Базилика святого Иоанна расположена в маленьком турецком городе Сельчук, который лежит в 3 км от Эфеса. После смерти Иисуса Христа апостол Иоанн вместе с Девой Марией пришли в Эфес, чтобы продолжить дело апостола Павла, начавшего распространять здесь Христианство. В древние времена на могиле Иоанна стоял памятник, который в 4 веке был окружен церковью скромных пропорций. Во время правления Юстиниана на этом месте была сооружена величественная куполообразная базилика. Могила Святого Иоанна, расположенная под главным центральным куполом, возвысила это место, которое в Средние века стало самым священным в округе. Постепенно, в связи с ослаблением могущества города Эфеса и после повторяющихся набегов арабов, базилика разрушилась, и только в 1330 г. клан Айдиноглу восстановил её и превратил в мечеть. Однако в 1402 году это сооружение было уничтожено монгольской армией Тамерлана.
В настоящее время вход в базилику проходит через южный трансепт. Базилика имеет шесть куполов. Кирпичный фундамент и мраморные стены были частично реконструированы. Если бы реставраторы восстановили их полностью, они занимали бы седьмое место по величине в мире. Современные раскопки в южной части апсиды обнаружили баптистерий и центральный пруд, а также примыкающую к ним часовню, украшенную фресками с изображением святых.