Город Оахака располагается практически в самой середине штата с одноименным названием в долине с обильной субтропической растительностью, окруженной горными склонами южной части Сьерра-Мадре.
Город представляет собой интересную смесь испанского и индейского наследия. В отличие от других мексиканских городов этого места не коснулась индустриализация, а потому не наблюдалось катастрофического роста населения. Именно поэтому Оахака удалось сохранить атмосферу тихого городка Новой
Испании. Исторический центр города был занесен в список мирового наследия ЮНЕСКО.
Примерно в 6000 лет до н.э. в долине Оахака уже жили индейские племена. Начало формирования самостоятельной культуры приходится на период Сан-Хосе-Моготе (1450-1050), после этого последовала переходная фаза с VIII по VII века до н.э. этот период ознаменовался развитием пре-сапотекской культуры, сапотеки, которые скорее всего принадлежали к ольмекам или пережили сильно влияние со стороны последних, достигли своего апогея в последующий период, в развитии цивилизации сапотеков и миштеков. Обе цивилизации существовали рядом с современным городом и его окраинами, однако в то время не существовало никакого поселения, известного под названием Оахака. Только в 1486 г. после прихода сюда ацтеков их правитель, Ауицотль, построил здесь военную базу Хуахуака, что в переводе с науатлья означало «растущая акация».
В 1521 г. испанцы под предводительством Франсиско де Ороско осадили индейцев и основали здесь небольшое поселение, известное как Антегуэра. В 1532 г. император Чарльз V даровал поселению статус королевского города Оахака, название города было производным от названия крепости ацтеков. Город не играл важной роли в мексиканской войне за независимость 1810-1821 гг. В 1830 г. здесь родился Порфирио Диас, будущий президент республики, он был выходцем из племен миштеков. Национальный герой Бенито Хуарес, сапотекский индеец жил здесь с 1847 г. по 1852 г., в период, когда занимал должность губернатора штата Оахака.