Музей Подводной Археологии, занимает помещение Замка Святого Петра, легко узнаваемого символа турецкого города Бодрум. Хотя замок, строительство которого было начато в 1402 году, находится под покровительством Министерства Культуры, экспозиции музея принадлежат американской некоммерческой организации - Институту Морской Археологии. Музей Подводной Археологии, где собраны и представлены остатки кораблекрушений, разместился в нескольких зданиях Замка с 1963 г. В часовне замка находится реконструированный Восточно-Римский Корабль, датируемый 7 в. н.э., в одну из частей которого, восстановленную в полном масштабе, могут войти посетители музея.
Коллекция кораблекрушений времен бронзового века содержит экспонаты, найденные местными дайверами в местах затонувших торговых судов. Обнаруженные предметы материальной культуры 13-16 в. до н.э. внесли большой вклад в исследование эпохи позднего Бронзового Века. На выставке также представлены старейшие в мире остатки корабля, обнаруженного в 1982 г. в Улу Бурун, который содержал большой груз товара, в том числе медные слитки, олово, экзотическую древесину, кости гиппопотама, драгоценные камни и золотые украшения. Удивительной находкой оказался массивный золотой жук скарабей, приписываемый, судя по иероглифам, египетской принцессе Нефертити (моряки часто брали с собой скарабеев, так как считалось, что они приносят удачу).
Обычно археологи собирают предметы из разбитых кусков стекла, поскольку многие их составные части находятся в одном и том же месте. Но экспонаты Зала Стеклянных Осколков (отдельная плата за вход), где собраны груды сохранившегося стекла, бросают вызов этой теории. Археологи установили, что эта масса осколков принадлежала некому судну, перевозившему груз из разбитого стекла, предназначенный для повторной переработки. Эта великолепная коллекция раннего исламского стекла имеет большую археологическую ценность.
В Зале Королевы Ады (отдельная плата за вход) представлена могила, как принято считать, королевы Ады, эллинской правительницы Галикарнаса, а также золотая корона и несколько стеклянных ларцов с другими драгоценностями.
