Музей де Санта Крус (Museo de Santa Cruz) размещается в старинной больнице. В Археологической секции, расположенной в залах вокруг патио, представлены экспонаты доисторического, римского и вестготского периодов. Экспозиция картин начинается в трех залах цокольного этажа. Особенно ценными являются фламандские гобелены XV-XVI веков, а также гобелен, на котором изображены знаки Зодиака, сотканный специально для Собора. Среди старых мастеров, представленных здесь, вы найдете фламандский портрет Филиберт II Савойского и картину Моралеса «Христос в цепях». Также в этих залах находится знамя, которое нес Дон Джон Австрийский в сражении при Лепанто (1571 г.). На первом этаже представлены самые ценные экспонаты музея, включая алтарное украшение, посвященное Пресвятой Деве Марии, выполненное Алонсо Берругете, работы Луиса Тристана, ученика Эль Греко, Риберы и мастера Сижена, «Распятие» Гойя и, наконец, великолепная коллекция картин Эль Греко, среди которых его знаменитое «Успение Богородицы» – его последняя работа. Также на первом этаже находится секция прикладного и декоративного искусства.
