Церковь в стиле барокко и монастырь были построены между 1657 и 1680 гг. Первая церковь, построенная в этом месте, была разрушена во время землетрясения 1650 г, уничтожившего большую часть города.
Церковь Ла Мерсед считается третьей по значимости церковью Куско после собора и церкви Ла Кампания.
Внутри церкви хранятся картины, посвященные жизни Святого Педро Ноласко, основателя Ордена Милосердия. Главной достопримечательностью церкви считается золотая усыпальница, украшенная драгоценными камнями, найденная в церковной ризнице. В церкви покоятся останки конкистадоров Диего дель Альмагро и Гонсало Писсаро
