Создание Францискианского монастыря, а также нижней и верхней церкви Святого Франциска, началось в 1228 г, сразу же после канонизации Франциска, и закончилось в 1253 г. Нижняя церковь Базилики, куда ведет вход через готический портал под портиком эпохи Ренессанса, имеет низкий потолок и тусклое освещение. Она полна шедевров ранней Сиенской школы итальянской живописи, однако, они слабо освещены красивыми, но не очень прозрачными витражными стеклами, многим из которых столько же лет, сколько самой церкви. Фрески в нижней церкви были выполнены знаменитыми художниками позднего Средневековья Чимабуэ и Джотто. Высокий, наполненный светом готический интерьер верхней церкви резко отличается от её нижней половины. Фрески в верхней церкви, изображающие сцены из жизни Святого Франциска, расписаны Джотто и его учениками. Написанные около 1300 г, эти знаменитые фрески Джотто достигли нового уровня реализма в итальянском изобразительном искусстве - намного раньше, чем другие мастера Ренессанса освоили и продолжили развивать эту технику живописи.
Базилика Святого Франциска (Basilica di San Francesco) занесена ЮНЕСКО в список мирового наследия. В октябре 1986г и январе 2002 г. католический понтифик папа Иоанн Павел II собрал в Ассизи лидеров крупнейших мировых конфессий, чтобы помолиться за мир. Во время землетрясения в 1997 г. собор сильно пострадал, но был чудом восстановлен в течение двух лет кропотливой работы. Следует помнить, что в церкви существует строгое правило: вход в базилику в шортах, мини-юбках или в одежде с оголенными плечами запрещен.