Ботанический сад (Botanique gardens) был разбит в 1619 г. для городской Академии (в 1921 ставшей городским университетом), это вторые по возрасту ботанические сады Франции, старше которых только сады Монпелье. Сады были разбиты на месте кладбища при монастыре Святого Николая. Изначально сады находились в ведении медицинского факультета. Первая перепись растений, проведенная в 1670 г. Маркусом Маппу, обнародовала список в 1600 видов. После французской революции университет сильно притесняли, но управляющий садами, Жан Эрман, смог сохранить не только сам сад, но и статуи страсбургского собора, которые были закопаны в саду.
В 1870 г. немецкая армия осадила Страсбург, после чего сад снова превратился в негласное кладбище, а в 1871 г. эти земли вошли в состав Германии. В 1880 г. император Вильгельм II Немецкий начал реконструкцию имперского университета, создав в его рамках восемь новых институтов, обсерваторию и зоологический музей. Современный ботанический сад был перенесен в новое место и восстановлен под руководством Генриха Антона де Барии. Новый сад и теплицы были открыты в 1884 году.
После первой мировой войны в 1919 г. сад был возвращен Франции. Значительная часть теплиц была уничтожена градом в 1958 г.
Сегодня в саду произрастает более 15000 растений, принадлежащих более чем к 6000 видам, сад находится в ведении университета им. Луи Пастера.