В самом городе и вокруг него живут 25 000 человек, это самый важный город полуострова. Многие из местных жителей считают себя потомками индейцев Чоротега, живших здесь до прихода испанцев.
Название город получил в честь индейского вождя Никои, встретившего испанского конкистадора Гонсалеса Давилу в 1523 г. Вождь подарил Давиле много богатых подарков, частично из-за этого страна была названа Коста-Рика (что в переводе с испанского означает «Богатый берег»)
Сегодня Никоя является коммерческим и политическим центром побережья.