Церковь Святой Софии (The Church of St. Sofia), или Старая Митрополийская Церковь, расположена в том месте, где, по предположениям специалистов, находился центр древнего поселения. Церковь Святой Софии - это трехнефная базилика с полукруглой апсидой, трехчастным нартексом и атриумом (внутренним двором). Её длина составляет 25,5 метров. Центральный неф отделен от двух боковых нефов прямоугольными каменными колоннами и кирпичными арками. Выше находится вторая аркада. С восточной стороны над апсидой имеется три арочных окна. В апсиде до настоящего времени сохранился синтрон. Внутренняя поверхность здания церкви оштукатурена и расписана фресками. Базилика была построена в конце V – начале VI веков. Её строительство проводилось в два периода, а в IX веке она была восстановлена. Церковь Святой Софии занимала важное положение среди других церквей, поскольку в ней размещалась резиденция епископа Несебыра.