Церковь Святого Стефана (Church St. Stephan), называемая также Новая Митрополийская Церковь, - один из самых красивых культурных памятников старой части Несебыра. Она отличается своей оригинальной архитектурой и богатым внутренним декором. Построенная примерно в XI веке, в последующие столетия эта церковь претерпела значительные реконструкционные изменения. В XVI веке она была расширена в восточной части, а в XVIII веке к ней был добавлен нартекс.
Церковь представляет собой трехнефную базилику, её длина – 12 м, а ширина – 9,5 м. Нефы разделены колонной, пилонами и арками и заканчиваются апсидами в восточной части. Центральный неф возвышается над боковыми и завершается фронтонами на восточной и западной сторонах. Церковь построена из камня и кирпича. В качестве декора выступают круглые окна-розетки, древние архитектурные элементы и надписи.
В XIX веке церковь была посвящена Святому Стефану. До этого на мысе полуострова Несебыр стояла другая церковь с таким названием, но она обрушилась в море, поэтому имя Святого Стефана было решено присвоить Новой Митрополийской Церкви. Это один из редких византийских монументов с хорошо сохранившимися росписями XVI-XVIII веков.
Фрески Церкви Святого Стефана охватывают 1000 изображений и 258 композиций. Темы фресок взяты из повествования о жизни Девы Марии и Иисуса Христа: «Пресвятая Богородица с младенцем Иисусом на троне», «Успение», «Введение во храм Пресвятой Богородицы». Сцены чудес Иисуса Христа представлены в серии легенд из Евангелия: Христос лечит психически больных и воскрешает мертвых, Христос усмиряет морской шторм, помогает рыбакам и т.д. Здесь также можно увидеть много иллюстраций из жизни Иоанна Богослова и Иоанна Крестителя.
В начале XVIII века была написана сцена «Последнего суда», выполненная в традиционном иконографическом стиле на восточной стене нартекса. В церкви хорошо сохранился оригинальный расписной иконостас XVI века в стиле «тюльпан». Трон и кафедра датируются XVIII веком. Они декорированы золоченой резьбой по дереву.